প্রেসিডেন্ট আব্রাহাম লিংকন যখন নাটক দেখছিলেন, তখন বিশিষ্ট নাট্যাভিনেতা জন উইলকেস বোথ তার ৩/৪ ফুট পিছন থেকে সরাসরি মাথায় গুলি করে। এর পরেরদিন সকাল ৭:২২ মিনিটে প্রেসিডেন্ট আব্রাহাম লিংকন ফোর্ড'স থিয়েটারে উল্টাদিকে পিটার্সন হাউসে মারা যান। বোথ নাটকীয় ভাবে ঘটনাস্থল থেকে পালিয়ে যেতে স্বক্ষম হয়ে ছিল। ফলে তাকে আটক করতে ইতিহাসের সর্ব বৃহৎ অভিযান চালাতে হয়, এতে ১০ হাজার সৈন্য, গোয়েন্দা ও পুলিশ অংশ নেয়।

প্রেসিডেন্ট আব্রাহাম লিংকনের হত্যাকারী জন উইলকেস বোথ ১৮৩৮ সালে মেরিল্যান্ডে জন্মগ্রহণ করেন। তিনি কনফেডারেটদের সমর্থক হলেও গৃহযুদ্ধের সময় যুক্তরাষ্ট্রেই বসবাস করছিলেন। বোথ প্রথম ষড়যন্ত্র করে প্রেসিডেন্ট লিংকনকে অপহরণ করে কনফেডারেট রাজধানী রিচমন্ডে নিয়ে যাবে। ১৮৬৫ সালের ২০ মার্চ বোথ ও তার ছয় জন সহকারি একটা নির্দিষ্ট জায়গায় প্রেসিডেন্ট লিঙ্কনের জন্য অপেক্ষা করছিলো। কিন্তু প্রেসিডেন্ট যে কোনো কারণেই হউক নির্দিষ্ট সময়ে ঐ স্থানে না আসাতে তাদের পরিকল্পনা সফল হয়নি।

ঘটনার রাতে প্রেসিডেন্ট লিংকন, তার স্ত্রী মেরি, একজন আর্মি অফিসার তার নাম হেনরি রাথবন, তার ফিয়াঁন্সে ক্লারা হ্যারিস ফোর্ড'স থিয়েটারের প্রেসিডেনশিয়াল স্পেশ্যাল বক্সে বসে নাটক দেখছিলেন। প্রেসিডেন্ট লিংকন অবশ্য একটু দেড়িতে এসেছিলেন, তবে খুব ভালো মুডে ছিলেন, নাটক খুব উপভোগ করছিলেন।

রাত ১০:১৫ মিনিটে জন উইলকেস বোথ প্রেসিডেন্ট বক্সে ঢুকেই তার .৪৪ ক্যালিবারের ডেরেনজার পিস্তল দিয়ে প্রেসিডেন্ট লিংকনের মাথার পিছনে একটি মাত্র গুলি করেন। আর্মি অফিসার রাথবন প্রেসিডেন্টকে রক্ষার জন্য এগিয়ে আসলে বোথ তাকে ছুরি দিয়ে আঘাত করে লাফ দিয়ে মঞ্চে উঠে যায়। মঞ্চে উঠে বোথ চিৎকার করে বলতে থাকে, “Sic semper tyrannis!” এটা একটা ল্যাটিন বাক্য যার অর্থ হচ্ছে, অত্যাচারী শাসককে সব সময় ক্ষমতাচ্যুত করতে হবে। জুলিয়াস সিজারকে হত্যা করার সময় ব্রুটাস এই বাক্যটা বলেছিলো। হল ভর্তি দর্শক প্রথমে মনে করে ছিল এটা নাটকেরই অংশ কিন্তু ফার্স্ট লেডির চিৎকারে তাদের ভুল ভাঙ্গে। এরমধ্যে পরে যাওয়াতে বোথের পা ভেঙ্গে যায়। সে ঘোড়ায় করে ওয়াশিংটন ডিসি থেকে পালিয়ে যায়।