প্রগতিশীল বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক ও বুদ্ধিজীবীরাও ছিলো জামাতে ইসলামের জাত শত্রু। জামাত আল-বদর ও আল-শামস বাহিনী গঠন করে বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক, চিকিৎসক বুদ্ধিজীবীদের নির্মমভাবে হত্যা করে । ফ্যাসিস্ট জামাতের মুখপত্র দৈনিক সংগ্রাম বুদ্ধিজীবীদের হত্যার ইঙ্গিত দিয়ে "রোকেয়া হলের ঘটনা" শিরোনামে ১২ নভেম্বর উপসম্পাদকীয়তে উল্লেখ করেঃ-

"বিশ্ববিদ্যালয়ের অভ্যন্তরে থেকে যারা এ দুষ্কর্মকে সহায়তা করছে তাদেরকে যদি খুঁজে বের করা হয় তবে সেটাই সঠিক পদক্ষেপ হবে বলে আমরা মনে করি। আর এর দ্বারাই বিশ্ববিদ্যালয়ের পবিত্র শিক্ষাঙ্গনকে দুস্কৃতিকারীদের ধ্বংসাত্মক তৎপরতা থেকে মুক্ত করা যেতে পারে। অনুরুপভাবে সকল শিক্ষা প্রতিষ্ঠান ও অফিস থেকেও সকল ছদ্মবেশী দুস্কৃতিকারীদের উৎখাত করতে হবে। আমরা বহুবার একথা বলেছি যে, আমাদের অভ্যন্তর থেকে ছদ্মবেশী দুস্কৃতিকারীদের উচ্ছেদ কারার মাধ্যমেই শুধু আমরা হিন্দুস্তানী চরদের সকল চক্রান্ত নস্যাৎ করে দিতে পারি। সন্দেহ নেই এ প্রয়োজনীয় পদক্ষেপ গ্রহনে আমরা যতই বিলম্ব করবো আমাদের ক্ষতির পরিমান ও নিরাপত্তাহীনতার পরিধি ততই বাড়বে"