মানবতাবিরোধী অপরাধের অভিযোগে যাদের গ্রেফতার করে বিচারের মুখোমুখি করা হয়েছে তাদের মধ্যে রয়েছে জামাতের সাবেক আমীর গো’আযম, বর্তমান আমীর মাওলানা মতিউর রহমান নিজামী ওরফে মইত্যা রাজাকার, সেক্রেটারি জেনারেল আলী আহসান মুজাহিদ ওরফে মইজ্যা রাজাকার, সহকারী সেক্রেটারি জেনারেল আব্দুল কাদের মোল্লা, কামারুজ্জামান, নায়েবে আমীর মাওলানা দেলাওয়ার হোসাইন সাঈদী, মজলিসে শূরা সদস্য আবুল কাশেম, বিএনপি’র স্থায়ী কমিটির সদস্য সাংসদ সালাউদ্দিন কাদের চৌধুরী ও জিয়াউর রহমান সরকারের প্রভাবশালী মন্ত্রী আব্দুল আলীম।
তদন্তকারী সংস্থা সূত্রে জানা গেছে, বুদ্ধিজীবী হত্যার সঙ্গে জড়িত আল-বাদর নেতা চৌধুরী মাইনুদ্দিন ও আশরাফুজ্জামান খানের বিরুদ্ধে তদন্ত চলছে। এরা দু’জনই দেশের বাইরে থাকে। চৌধুরী মাইনুদ্দিন থাকে ইংল্যান্ডে আর আশরাফুজ্জামান আমেরিকাতে স্থায়ীভাবে বসবাস করছে। এই দুই জনের বিরুদ্ধে ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপক মুনির চৌধুরী, শহীদুল্লাহ কায়সার, ড. মুনিরুজ্জামান, অধ্যাপক গিয়াস উদ্দিন আহমেদ, ড. মুর্তজা, অধ্যাপক মোফাজ্জল হায়দার চৌধুরী, অধ্যাপক রাশিদুল হাসান, অধ্যাপক আনোয়ার পাশা, অধ্যাপক সন্তোষ ভট্টাচার্য, ড. রশিদুল হাসান, ড. ফজলুল মহিউদ্দিন, ড. আবুল খায়ের, সাংবাদিক সিরাজুদ্দিন হোসেন, বিবিসির সাংবাদিক নিজাম উদ্দিন, সাংবাদিক আনম গোলাম মোস্তফা, অধ্যাপক সিরাজুল হকসহ অন্য বুদ্ধিজীবী হত্যার অভিযোগ রয়েছে। মোফাজ্জল হায়দারকে যখন হত্যার জন্য তুলে নেয়া হয় সেই দলে চৌধুরী মাইনুদ্দিন ছিল। তার মুখের গামছা সরে গেলে মোফাজ্জল হায়দার বলেন, মাইনুদ্দিন তুমি? তখন মাইনুদ্দিন বলে, স্যার আপনি চলেন। আপনার কিছু হবে না। আল-বাদর বাহিনীকে সহায়তা করেছে চৌধুরী মইনুদ্দিন ও আশরাফুজ্জামান।