মাইক্রোসফট উইন্ডোজ এবং লিনাক্স কম্পিউটার অপারেটিং সিস্টেমের মধ্যে তুলনা সব সময়ই এই দুটির ব্যবহারকারীদের মাঝে একটি অন্যতম আলোচনার বিষয় হয়ে থাকে। বর্তমানে ডেস্কটপ ব্যবহারকারীর দিক থেকে উইন্ডোজ বিশ্বের সবচেয়ে জনপ্রিয় এবং বহুল ব্যবহৃত অপারেটিং সিস্টেম। অপরদিকে লিনাক্স হচ্ছে সবচেয়ে উন্নত, এবং মুক্ত একটি অপারেটিং সিস্টেম। কম্পিউটার হার্ডওয়্যার নির্মাতারা এখন লিনাক্সের জন্যেও বিভিন্ন ড্রাইভার সফটওয়্যার তৈরি করেন। দুটি অপারেটিং সিস্টেমই শুধুমাত্র ডেস্কটপ ও পার্সোনাল কম্পিউটারের ক্ষেত্রে নয়, সার্ভার ও এমবেডেড সিস্টেমে বাজারেও যথেষ্ট পরিমান গুরুত্বের সাথে তারা প্রতিযোগিতা করছে।
এই তুলনাটি উইন্ডোজের তিনটি পরিবারের অপারেটিং সিস্টেমের সাথে সংশ্লিষ্ট। যদিও এটি মূলত এনটি পরিবার কেন্দ্রিক। এদের প্রত্যেকেরই নিজস্ব কোডবেইজ এবং নকশা রয়েছে। সেই পরিবারগুলো হচ্ছেঃ

১। উইন্ডোজ এবং উইন্ডোজ ফর ওয়ার্কগ্রুপস উইন্ডোজ ৩.১ (ডস ভিত্তিক), উইন্ডোজ ৯৫, উইন্ডোজ ৯৮, উইন্ডোজ এমই এই সংস্করণগুলো বর্তমানে মাইক্রোসফটের পক্ষ থেকে আর বাজারে বিক্রি হয় না, এবং মাইক্রোসফটও এদের বিক্রয়ত্তোর সেবা প্রদান করে না।
২।এনটি পরিবার, যেমন: উইন্ডোজ ২০০০, উইন্ডোজ এক্সপি, উইন্ডোজ ভিসতা, উইন্ডোজ ৭, এবং উইন্ডোজ সার্ভার ২০০৩, এবং উইন্ডোজ সার্ভার ২০০৮। বর্তমানে এগুলোর সবগুলোরই মাইক্রোসফটের পক্ষ থেকে বিক্রোয়ত্তর সেবা চালু আছে।
৩। উইন্ডোজ এমবেডেড পরিবার। এগুলো বিশেষ অপারেটিং সিস্টেম যেমন: উইন্ডোজ সিই।

লিনাক্স বিভিন্ন প্রকার সিপিইউ-এর জন্যই প্রযোজ্য। এর মধ্যে রয়েছে আইএ-৩২ (আই৩৮৬ এবং পরবর্তী প্রজন্মের কম্পিউটার প্রসেসর), এক্স৮৬-৬৪ (ইন্টেল প্রসেসরসহ ৬৪ বিটের কম্পিউটার), আইটেনিয়াম, এমআইপিএস, পাওয়ারপিসি, এআরএম, এবং অন্যান্য। যদিও বর্তমান কালের উইন্ডোজ কার্নেল মূলত জোর দেয় প্রথম তিনটির ওপর। কারণ সিপিইউ ধরনের প্রযোজ্যতার ক্ষেত্রে লিনাক্স এখন ডেস্কটপ, ও সার্ভারসহ, রাউটার, সেট-টপ বক্স, পিডিএ, মোবাইল ফোন ইত্যাদি বিভিন্ন যন্ত্রাংশে ব্যবহৃত হচ্ছে। উইন্ডোজ এমবেডেড ঐতিহাসিকভাবে তাদের বাজার শুরু করেছিলো পস (POS) টার্মিনালগুলোতে ডস অপারেটিং সিস্টেম ব্যবহারের মাধ্যমে। বর্তমান কালে উইন্ডোজ সিই কার্নেল এক মেগাবাইট মেমরির নিচেও চলতে পারে। উইন্ডোজ সিই অপারেটিং সিস্টেম প্লাটফর্ম ব্যবহার করে উইন্ডোজ অটোপিসি, উইন্ডোজ মোবাইল, পোর্টেবল মিডিয়া সেন্টার, এবং অনেক কলকারখানার যন্ত্রাংশ, ও এমবেডেড সিস্টেম চালাচ্ছে। এমন কী ড্রিমকাস্টের কিছু গেইম চালাতেও মাইক্রোসফট উইন্ডোজ সিই অপারেটিং সিস্টেম ব্যবহার করছে।
মাইক্রোসফটের উইন্ডোজের বাজার বিশ্বের ডেস্কটপ কম্পিউটার, ও পার্সোনাল কম্পিউটারের ক্ষেত্রে একক আধিপত্য বিস্তার করে আছে। ডেস্কটপ মার্কেট শেয়ারের প্রায় ৯০% মাইক্রোসফটের দখলে, এবং ২০০৭ সালের হিসাব অনুযায়ী ৬৬% সার্ভার কম্পিউটারের কাছে মাইক্রোসফটের অপারেটিং সিস্টেম বিক্রি হয়েছে (যদিও সব ক্ষেত্রে তা ব্যবহৃত হয়েছে এমন প্রমাণ পাওয়া যায় নি)।সার্ভারের ক্ষেত্রে আয়ের পরিমাণ ২০০৭ সালের কিউ৪-এর এক জরিপ অনুসারে মাইক্রোসফটের দখলে ৩৬.৩% ও লিনাক্সের দখলে ১২.৭%। ২০০৯ সালের জুন পর্যন্ত চালিত এক হিসাবে দেখা যায়, বিশ্বের সবচেয়ে ক্ষমতাশালী সুপার কম্পিউটারগুলোর ৮৮.৬% লিনাক্স ভিত্তিক অপারেটিং সিস্টেম দ্বারা চালিত হয়। ২০০৮ সালের ডিসেম্বরের এক জরিপে দেখা যায় বিশ্বের প্রধান দশটি ইন্টারনেট হোস্টিং কোম্পানি লিনাক্স দ্বারা চালিত, যেখানে তুলনামূলকভাবে একটি উইন্ডোজ দ্বারা চালিত।
লিনাক্স ও উইন্ডোজের মধ্যে দর্শনগত, মূল্য, ব্যবহারের সীমা, ক্ষমতা, স্থিতিশীলতার দিক দিয়ে পার্থক্য আছে। যদিও দুক্ষেত্রই তাদের নিজেদের দূর্বলতম দিকগুলো চিহ্নিত করে তা থেকে বেরিয়ে আসার চেষ্টা করছে। তূলনামূলকভাবে তাদের ইতিহাস, উৎপত্তি, ব্যবহাকারী, বিপণন ব্যবস্থা প্রভৃতির মধ্যেও পার্থক্য রয়েছে। লিনাক্সের ক্ষেত্রে একটি সাধারণ দুর্বলতা হচ্ছে ব্যবহারে ক্ষেত্রে বন্ধুভাবাপন্নতায় ঘাটতি ও জটিলতা, যেখানে মাইক্রোসফট উইন্ডোজের প্রধানতম সমস্যা হচ্ছে ভাইরাস এবং ম্যালওয়্যার।