ময়নাতদন্ত ও অন্যান আনুষ্ঠানিকতা শেষে ১৮ এপ্রিল প্রেসিডেন্ট লিংকনের মরদেহ হোয়াইট হাউস থেকে ক্যাপিটল বিল্ডিংএ (যেখানে কগ্রেসের অধিবেশন বসে) নিয়ে রাখা হয়। এপ্রিলের ২১ তারিখ তার মরদেহ ট্রেনে করে তার নিজ রাজ্য ইলিনয়সের স্প্রিংফিল্ডে নিয়ে যাওয়া হয়। যখন ট্রেন ধীরেধীরে অগ্রসর হচ্ছিলো তখন হাজার হাজার শোকার্ত জনতা প্রয়াত প্রেসিডেন্টের প্রতি তাদের শেষ শ্রদ্ধা জানাছিল। স্প্রিংফিল্ডের কাছে ওক রিজ সিমেট্রিতে প্রেসিডেন্ট আব্রাহাম লিংকনকে সমাহিত করা হয়। আব্রাহাম লিংকনের এক ছেলে উইলির সমাধিও এই কবরস্থানে অবস্থিত। উইলি ১৮৬২ সালে টাইফয়েডে আক্রান্ত হয়ে হোয়াইট হাউসে মারা যায়।

এদিকে জন উইলকেস বোথকে আটক করার জন্য শতশত সৈন্য, পুলিশ ও গোয়েন্দা অনুসন্ধান চালাতে থাকে। বোথ ওয়াশিংটন ডিসি থেকে পালিয়ে তার একজন সহযোগী ডেভিড হেরল্ডকে সাথে নিয়ে এনাকোষ্ঠীয়া নদী পার হয়ে ম্যারিল্যান্ডের দক্ষিণদিকে যেতে থাকে। পথিমধ্যে তারা বোথের পায়ের চিকিৎসার জন্য ম্যারিল্যান্ডের ওয়ালডর্ফে ডাক্তার সেমুয়েল মাডের বাড়িতে উঠে (বর্তমান লেখক ম্যারিল্যান্ডের ওয়ালডর্ফে বসবাস করেন)। ডাক্তার মাড বোথের ভাঙ্গা পায়ের চিকিৎসা করেন। এর জন্য বিচারে মাডের যাবতজীবন কারাদণ্ড হয়, পরে অবশ্য তার দন্ড মওকুফ করা হয়। পায়ের চিকিৎসার পর বোথ ও তার সঙ্গী থমাস জোন্স নামের একজন কনফেডারেট এজেন্টের বাসায় আশ্রয় নেয়। সেখান থেকে নৌকায় করে পোটোমেক নদী পার হয়ে ভির্জিনিয়ায় চলে যায়।

২৬ এপ্রিল সৈন্যরা ভার্জিনিয়াতে একটা খামার বাড়িতে বোথ ও হেরল্ডকে ঘেরাও করে ফেলে। আগুনের তাপে পলাতক আসামিরা বের হয়ে আসবে এই লক্ষ্যে সৈন্যরা খামার বাড়িটিতে আগুন ধরিয়ে দেয়। হেরল্ড বাড়ি থেকে বের হয়ে সৈন্যদের কাছে আত্মসমর্পণ করলেও বোথ বাড়ির ভিতর থেকে যায়। আগুন যখন বেড়ে যায় বোথ সৈন্যদের দিকে গুলি ছোড়তে উদ্যত হলে একজন সৈন্য বোথের দিকে গুলি ছোড়ে। গুলি বোথের গলায় বিদ্ধ হয়। তাকে জীবিত অবস্থায় বাড়ি থেকে বের করে আনা হলে তিন ঘন্টার মতো জীবিত ছিল। সে একদৃষ্টে তার হাতের দিকে তাকিয়ে বলতে থাকে "নিরর্থ, নিরর্থ।" (“Useless, useless.”) এটাই তার শেষ কথা।

হত্যাকাণ্ডে সহযোগিতা করার জন্য ১৮৬৫ সালের ৭ জুলাই বোথের চার সহযোগীর ফাঁসি কার্যকর করা হয়। এরমধ্যে ডেভিড হেরাল্ড এবং মেরি সুরাতও ছিল। মেরি সুরাত মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে প্রথম নারী যাকে মৃত্যদণ্ড দেয়া হয়। তার বোর্ডিং হাউসে বসেই প্রেসিডেন্ট লিংকনকে অপহরণের পরিকল্পনা করা হয়ে ছিল।