বিএনপি মাঝপথে ভোট বর্জন করলেও শেষ পর্যন্তই নির্বাচনে ছিল ২০-দলীয় জোটের অন্যতম প্রধান শরিক দল জামায়াতে ইসলামী। ঢাকা ও চট্টগ্রামের তিন সিটি করপোরেশনে নারী-পুরুষ মিলিয়ে জামায়াত-সমর্থিত পাঁচজন কাউন্সিলর পদপ্রার্থী জয়ী হয়েছেন। বিএনপি সিটি নির্বাচনকে ৫ জানুয়ারির সংসদ নির্বাচনের চেয়েও প্রহসনমূলক বললেও জামায়াত শিবির কিন্তু নির্বাচন বর্জনের ঘোষণা দেয়নি এবং নির্বাচন বর্জন করেনি। প্রসঙ্গত, তিন সিটি নির্বাচনে কাউন্সিলর পদে প্রার্থী নিয়ে বিএনপির সঙ্গে জামায়াতের দূরত্ব তৈরি হয়। এর রেশ ধরে জোট-সমর্থিত মেয়র পদপ্রার্থীদের প্রচারে মাঠে ছিল না জামায়াত। এমনকি জোটের সমন্বয় কমিটির সভাগুলোতেও যায়নি তারা। এ অবস্থায় নির্বাচন সামনে রেখে জামায়াতের মান ভাঙানোর উদ্যোগ নেয় বিএনপির নেতাদের একটি অংশ। তারই অংশ হিসেবে বিএনপির চেয়ারপারসন খালেদা জিয়ার সংবাদ সম্মেলনে জামায়াতের প্রতিনিধি অংশ নেন। তবে দলটির সঙ্গে কাউন্সিলর পদে প্রার্থী নিয়ে বিএনপির কোনো সমঝোতা হয়নি। এ অবস্থায় জামায়াত এককভাবে নির্বাচন করে। ঢাকা উত্তর ও দক্ষিণ সিটি করপোরেশনে জামায়াত সাধারণ ওয়ার্ডে ১৯ জন, সংরক্ষিত ওয়ার্ডে সাতজনসহ ২৬ জন কাউন্সিলর পদপ্রার্থীকে সমর্থন দিয়েছিল। এর মধ্যে ঢাকা উত্তরের মাসুদা আক্তার (ওয়ার্ড ১২, ১৩ ও ১৪), আমেনা বেগম (২২, ২৩ ও ৩৬) ও কাওসার জাহান (২৯, ৩০ ও ৩২) নির্বাচিত হন। আর চট্টগ্রামে মো. শফিউল আলম (৩৭ নম্বর ওয়ার্ড) ও ফারজানা ইয়াসমিন (সংরক্ষিত ৬ নম্বর ওয়ার্ড) জয়ী হন।