নভেম্বর ২০০৮ অর্থাৎ সাধারণ নির্বাচন তথা শেখ হাসিনার ক্ষমতা গ্রহণের মাত্র দু মাসের মাথায় পিলখানা বিদ্রোহ ও হত্যাযজ্ঞের প্রচারণা শুরু হয়েছিল।নভেম্বর ২০০৮ এ সজীব ওয়াজেদ জয় ও জনৈক কার্ল সিভাকোর নামে যুক্তরাষ্ট্রে প্রকাশিত একটি নিবন্ধে জয় ও তার মাকে পরিকল্পিত হত্যা যজ্ঞ নিয়ে এগিয়ে যাবার ইঙ্গিতের কথা বলা হয়।

বিদ্রোহের একদিন আগে মহীউদ্দীন খান আলমগীরের নেতৃত্বে আওয়ামী লীগের সংসদ সদস্যগণ সেনাবাহিনীর তীব্র নিন্দা করেন যে তাদেরকে নিয়ন্ত্রণ করতে হবে। বিদ্রোহের সময় আমাদের এক দল পন্ডিত একই ধরনের প্রচারণা চালাতে থাকে । বাণিজ্যমন্ত্রী লেফটেন্যান্ট কর্নেল (অব)ফারুক খান সজীব ওয়াজেদ জয়ের বক্তব্যের পুনরাবৃত্তি করে।

পিলখানা হত্যাযজ্ঞের পরিকল্পনা ছিল দ্বিমুখী প্রথম পরিকল্পনা ছিল প্রকাশ্য যাতে বিডিআর সপ্তাহ ২০০৯ উদযাপনকালে দরবার হলে জিম্মি পরিস্থিতির সৃষ্টি করা যায় সে পরিকল্পনা অনুসারে বিক্ষুব্ধ বিডিআর জওয়ানদের উপস্থিতি ।সকল অফিসার কে ২৫ তারিখ জিম্মিদশায় রাখা এবং রেশন, বেতনভাতা জাতিসংঘ কমিশন ইত্যাদিসহ কমান্ডিং অবস্থান থেকে সেনা কর্মকর্তাদের দূরে রাখার বিষয়ে ২২ দফা দাবি পেশ করার কথা ছিল।

প্রধানমন্ত্রী তখন সেনাবাহিনী প্রধান, সরাষ্ট্র মন্ত্রী সাহারা খাতুন এবং এলজিআরডি প্রতিমন্ত্রী জাহাঙ্গীর কবির নানকেকে বিদ্রোহের নেতাদের সাথে আলোচনার জন্য পাঠাতেন যাতে জওয়ানদের দাবি-দাওয়ার সুরাহা হয়। তবে এ পরিকল্পনাটি প্রাথমিকভাবে ছিল একটি কৌশল।
নেপথ্যের কুশীলবদের নিজস্ব পরিকল্পনা ছিল। জানা গেছে কার্যক্রমের জন্য RAW ৬০ কোটি রুপি দিয়েছে সেনা কর্মকর্তাদের হত্যার জন্য এবং প্রায় ১৫ জন বিদেশি বন্দুকধারী ভাড়া করা হয়েছিল । RAW পরিচালনাকারী ও তাদের বাংলাদেশি প্রতিপক্ষ যারা অর্থের যোগান দিয়েছিলেন তারা শেখ হাসিনা ক্ষমতায় আসার পরপরই ঢাকার গুলশানের একটি আন্তর্জাতিক ক্লাবে সাক্ষাৎ করেছিল সেই সভায় স্বরাষ্ট্রপ্রতিমন্ত্রী সোহেল তাজের ছোট ভাই ও উপস্থিত ছিলেন । ভাড়া করা খুনিদের দাতা ও সংগঠকরা যাদের মধ্যে কয়েকজন ভারতীয় ও লাজার শিবাজান নামে রাশিয়ার অপরাধ জগতের এক নেতা ছিল যারা ১৯ তারিখ বা ঠিক তার আগে দুবাইয়ের হোটেল বাব আল শামস এ বৈঠক করেছিল। সেখানে তারা ভাড়া করা খুনিদের অপারেশন ও পারিশ্রমিকের ব্যবস্থা নিয়ে আলোচনা করেছিল।২৪ ফেব্রুয়ারি ২০০৯ রাত দশটা থেকে এগারোটার মধ্যেই ঢাকার ঝিগাতলা একটি ফিলিং স্টেশনের মালিক আতাউর তার মোবাইল থেকে বিডিআর এর ডিজি কে একটি ফোন করে বিডিআর এর ডিজি শাকিলকে এই মর্মে জানায় যে স্যার আপনাকে কালকে পিলখানায় মেরে ফেলবে । আপনি কালকের অনুষ্ঠানে যাবেন না। তার এই ফোনকল রেব হেডকোয়ার্টার আড়ি পেতে শুনে এবং কিছু সময়ের মধ্যে আতাউরকে গ্রেফতার করে নিয়ে যাওয়া হয় ঘটনার পর তাকে অবশ্য ছেড়ে দেওয়া হয়

স্থানীয় এমপি হবার সুবাদে তাপসের সংশ্লিষ্টতা গুরুত্বপূর্ণ ছিল। নির্বাচনী প্রচারণার সময় তিনি জড়িত হয়েছিলেন। তাপসের ঢাকা ১২ আসনে এর প্রায় পাঁচ হাজার বিডিআর ভোটারকে নিবন্ধিত করা হয়েছিল বিডিআরের কুশীলবরা সাবেক হাবিলদার ঢাকা ১২ আসন এর অন্তর্ভুক্ত ৪৮ নং ওয়ার্ডের আওয়ামীলীগের সভাপতি তোরাবা আলির মাধ্যমে যোগাযোগ বজায় রাখত। তারা তাপসকে নিশ্চয়তা দিয়েছিল ঢাকা ১২ আসনে নৌকা জিতবে এবং সকল বিডিআর তাকে ভোট দিবে। তার বিনিময় বিডিআর প্রতিনিধিরা তাদের দাবি পূরণ করতে চেয়েছিল যাতে তাপস সম্মত হন। বিদ্রোহের পরিকল্পনা যখন চূড়ান্ত হয়, তাপস সম্মতি দেন যে তিনি বিডিআর জওয়ানদের সহায়তা দেবেন যোগাবেন যাতে তারা বিদ্রোহে নিরাপদ থাকা তথা তাদের দাবি আদায় করা যায়। বিদ্রোহ ও হত্যাযজ্ঞ খুলবে সর্বশেষ বৈঠক হয়েছিল ২৪ তারিখে সন্ধ্যায় তোরাব আলীর বাড়িতে একই রাত্রে তাপস প্রধানমন্ত্রীর বাড়িতে প্রায় ২৪ জন বিডিআর খুনি তাদের চূড়ান্ত শপথ গ্রহণ করে
এ গুপ্ত পরিকল্পনাটি প্রধানমন্ত্রী তার চাচাতো ভাই সে তথা তাপসের চাচা শেখ সেলিম এমপি আব্দুল জলিল এমপি নানক,তাপস,সোহেল তাজ, মির্জা আজম, হাজী সেলিম মহীউদ্দীন খান আলমগীরসহ, প্রধানমন্ত্রীর ঘনিষ্ঠ কয়েকজন সদস্য জ্ঞাত ছিল। ১৩ তারিখ শেখ সেলিমের বনানী ভাষায় অন্তত একটি বৈঠক হয়েছিল। বনানীর বাসিন্দা সোহেল তাজ সেখানে যোগ দিয়েছিলেন একটি গুরুত্বপূর্ণ বিষয় সহ সোহেল তাজের দায়িত্ব স্থির করা হয়েছিল আলমগীর নানক-আজম বরাবরই সেনা কর্মকর্তাদের ধ্বংস করার পক্ষে ছিলেন।তারা যখন প্রধানমন্ত্রীর নিকট পরিকল্পনা উত্থাপন করেন তখন তিনি প্রথমত সম্পূর্ণভাবে গণহত্যার ব্যাপারে দ্বিধান্বিত ছিলেন।

পিলখানায় সেনা কর্মকর্তাদের পূর্ণাঙ্গ ধ্বংস নিশ্চিত করতে জাহাঙ্গীর কবির নানকের দায়িত্ব ছিল অন্যদিকে ফজলে নূর তাপসের দায়িত্ব ছিল হাজারীবাগ জিগাতলা এলাকা দিয়ে বিডিআর খুনিদের পলায়ন নিশ্চিত করার তাপসেরসাথে নানকের বাড়তি দায়িত্ব ছিল ২৫ তারিখ রাতে ভাড়া করা খুনিদের অ্যাম্বুলেন্সে করে নিরাপদে যেতে দেওয়া এবং ২৬ তারিখের মধ্যে সকল খুনির পলায়ন নিশ্চিত করা তাদের এয়ারপোর্ট যাবার পথে খুনিদের মাইক্রোবাস স্থানান্তর করা হবে তাদের মধ্যপ্রাচ্য যুক্তরাজ্য-যুক্তরাষ্ট্রে নিরাপদ পলায়নে নিরাপত্তা নিশ্চিত করার দায়িত্ব ছিল সোহেল তাজের । সিদ্ধান্ত নেয়া হয়েছিল দেরি হলে প্রয়োজনে উদ্দেশ্যে বিজি 049 ফ্লাইট ব্যবহার করা হবে

দুইনাম্বার পরিকল্পনার সাফল্য নিহিত ছিল
১। সেনাবাহিনীকে কোন সামরিক সমাধানে নিবৃত্ত করতে সরকারের সক্ষমতা এবং
২। পিলখানা হত্যাযজ্ঞ প্রমাণাদি যথাসম্ভব বেশি সম্ভব নিশ্চিহ্ন করে ফেলা

এজন্যই নানককে দায়িত্ব দেওয়া হয় ঠাণ্ডা মাথায় হত্যা কান্ড সংগঠনের জন্য নানক সুবিদিত যে জরুরি অবস্থা কালীন সময়ে ভারতে তাদের গোয়েন্দা সংস্থা নিরাপত্তা ও তাদের অন্যতম মেহমান ছিল । তাকে ২৫ তারিখ দুপুর থেকে পিলখানায় অভ্যন্তরে সামগ্রিকভাবে দায়িত্ব দেয়া হয় যা স্থানীয় সরকার মন্ত্রণালয়ের প্রতিমন্ত্রী হিসেবে তার দায়িত্বের মধ্যে পড়ে না। নানক এটা নিশ্চিত করেছিল যে বিদ্রোহে নিহত সেনা অফিসারদের ২৫ ও ২৬ তারিখে রাতে গণকবর পুঁতে ফেলা ও দরবার হলকে ধুয়েমুছে সাফ করা যাতে হত্যাযজ্ঞের কোন চিহ্ন না থাকে ।
যাতে যথাযথ লক্ষ্য হাসিলের সর্বাত্মকভাবে তৎপর হয় তার জন্য ফেব্রুয়ারি শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত প্রায় ১৫ থেকে ১৭কোটি টাকা বিতরণ করা হয় প্রতিটি সেনা অফিসারকে হত্যা জন্য চার লক্ষ টাকার ইনাম ধারণ করা হয় রিং লিডারদের অর্থের পরিমাণ ছিল আরো বেশি। হত্যাকারীদের সাথে অতি উৎসাহী হয়ে যায় পরবর্তী হত্যাকাণ্ড হয়ে তাদের হৃদরোগের আগে পরে অতিরিক্ত কোনো অর্থ প্রদান করা হয়নি। পরিকল্পনা একের সাথে সম্পৃক্ততা এমপি তাপস এর মাধ্যমে দিয়ে দিয়ে অনুগত নানকের চ্যানেলের মাধ্যমে সংঘটিত হয় সোহেল তাজ ও জয় ভাড়া করা খুনিদের অর্থ প্রদান করে। হত্যাযজ্ঞ সংগঠনে প্রথমদিকে কিছু আগাম অর্থ দুবাইয়ের হোটেল বাব আল শামসের প্রদান করা হয়

পরিকল্পনার মধ্যে সম্ভাব্য আপদকালীন পরিস্থিতি তথা যদি সোনাবাহিনী পিলখানা বিদ্রোহ দমনের নিবৃত্ত করা না যায় কিংবা যদি ঘটনার সাথে আওয়ামী লীগের সম্পৃক্ত জানাজানি হয়ে যায় তাহলে কি করতে হবে তাও আগাম পরিকল্পনা করে রাখা হয়। পরিকল্পনা ছিল যদি শেখ হাসিনা সেনা অভিযান বন্ধ করতে ব্যর্থ হয় তাহলে প্রধানমন্ত্রী ভারতে s.o.s. বার্তা প্রেরণ করবে এবং তার প্রেক্ষিতে আকাশপথে ভারতীয় সেনা অভিযান চালানো হবে আর এমন পরিস্থিতিতে সারাদেশে বিডিআর ইউনিটসমূহ অভিযান চালিয়ে পুরো দেশকে অস্থিতিশীল করে তুলবে তখন বহিঃবিশ্ব দেখবে বাংলাদেশে গৃহযুদ্ধ শুরু হয়েছে অতএব সে অবস্থায় তারা শেখ হাসিনা সরকারকে বাঁচানোর জন্য যথাযথ পদক্ষেপ গ্রহণ করবে

ভারতীয় পররাষ্ট্রমন্ত্রী প্রণব মুখার্জি ঘোষণা দেন শেখ হাসিনা ও তাঁর সরকার বিপরযস্ত অবস্থায় পতিত হলে সেই সরকারের সহযোগিতায় ভারতীয় সেনাবাহিনী এগিয়ে আসবে ভারতীয় সংবাদ মাধ্যমে সূত্রমতে সেই সময় আসামের জোরাট বিমানঘাঁটিতে বড় মাঝারি ধরনের এয়ারপোর্ট বিমান সহ প্রায় ৩০ হাজার ভারতীয় সেনাকে প্রস্তুত রাখা হয় । অবশ্য কোনো ক্ষমতাবলে ভারতীয় পররাষ্ট্রমন্ত্রী বিদ্রোহের শুরুতে এমন ভবিষ্যদ্বাণী করেছিলেন তার বর্ণনা প্রণব বাবু প্রদান করেনি

২৫ তারিখ সকাল পৌনে নয়টার সময় গোয়েন্দা সংস্থা এনএসআই এই মর্মে প্রধানমন্ত্রীকে অবহিত করে যে কয়েক মিনিটের মধ্যেই পিলখানায় বিদ্রোহ শুরু হবে একই তথ্য সেনাবাহিনী প্রধানকে ও দেওয়া হয় প্রধানমন্ত্রী কোনোরূপ পাল্টা ব্যবস্থা গ্রহণ করেনি ।সেনাপ্রধান ও বিষয়টিতে নীরবতা অবলম্বন করে ।তাদের পাল্টা পদক্ষেপ গ্রহণ করা থেকে প্রধানমন্ত্রীও সেনাপতির নিভৃত থাকাও নীরবতা অবলম্বন থেকে এটা স্পষ্ট প্রতীয়মান হয় যে বিদ্রোহ পরিকল্পনামাফিক বাস্তবায়িত হওয়ার ব্যাপারে তারা আগ্রহী ছিলেন২৫ তারিখ সকাল পৌনে নয়টার সময় গোয়েন্দা সংস্থা এনএসআই এই মর্মে প্রধানমন্ত্রীকে অবহিত করে যে কয়েক মিনিটের মধ্যেই পিলখানায় বিদ্রোহ শুরু হবে ।
একই তথ্য সেনাবাহিনী বাহিনীর প্রধান কেও দেয়া হয় ।প্রধানমন্ত্রী কোনোরূপ পাল্টা ব্যবস্থা গ্রহণ করা থেকে বিরত থাকেন সেনাপ্রধান ও বিষয়টা নিয়ে নীরবতা অবলম্বন করেন। এতে স্পষ্ট প্রতীয়মান হয় যে বিদ্রোহ পরিকল্পনামাফিক বাস্তবায়িত হচ্ছে ।

বিডিআরের মহাপরিচালক যদিও জানত একটা গন্ডগোল হবে কিন্তু এটা যদি জানতো যে তাদের উপর মহলের প্রদত্ত আশ্বাস হবে স্রেফ ধোঁকাবাজি এবং তাদেরকে বলির পাঠা বানানো হবে তাহলে অবশ্যই তারা ভিন্নভাবে পরিস্থিতি মোকাবেলার জন্য সচেষ্ট হত। তাদের মধ্যে অনেকে নামকরা কমান্ডো অফিসার ছিল ।তারা সহজেই কিছু এসএমজি ছিনিয়ে নিয়ে ছোট ছোট গ্রুপে বিভক্ত হয়ে বিভিন্ন পয়েন্ট থেকে পাল্টা আক্রমণ চালিয়ে বিদ্রোহ সর্বাত্মকভাবে দমন করতে না পারলেও অন্তত বিদ্রোহীদের বিচ্ছিন্ন করে দিতে পারতো।
সকাল সাড়ে দশটায় রেব১০ অফিসাররা পিলখানা ৫নং গেট সংলগ্ন উচ্চতা দেয়ালের নিকট পৌঁছে যে দেয়ালের মাধ্যমে সন্নিহিত বেসামরিক এলাকা থেকে বিডিআর সদর দপ্তরকে আলাদা করা হয়েছে ।ওই জায়গাটা ছিল বিদ্রোহ দমনে ঝটিকা অভিযান শুরু করে সদর দপ্তরকে মুক্ত করার সবচাইতে উপযুক্ত জায়গা ।

কিন্তু সাড়ে এগারোটার দিকে রেব এর এডিজি কর্নেল রেজানুর রেব১০ অফিসারদেরকে অধিনায়ক কে পিলখানা থেকে তিন মাইল দূরে বেড়িবাঁধ এলাকায় গিয়ে অবস্থান গ্রহণের নির্দেশ প্রদান করে। প্রশ্ন থেকে যায় কেন এই করা হলো। রেব ১০ কে ওখান থেকে সরিয়ে নেয়ায় বিদ্রোহ পরিকল্পনা বাস্তবায়নে অনেক অনুকূল পরিস্থিতি সৃষ্টি হয়। এই পথ দিয়েই বিদ্রোহীরা সদরদপ্তরের অস্ত্রাগার লুন্ঠন করে আওয়ামী লীগের কমিশনার তোরাব আলীর বাসভবনে স্থানান্তর করে যা ছাত্রলীগের ক্যাডারদের মধ্যে বিতরণ করা হয় তার চাইতেও বড় সুবিধা এ পথ দিয়ে বিডিআর এর হত্যাকারীদের নিরাপদে হাজারীবাগ ও জিগাতলা এলাকা দিয়ে বিনা বাধায় পালিয়ে যায়। রেব১০ এর মোতায়েন পুনবিন্নস্থ করা ছিল স্পষ্টতই বিদ্রোহীদের অনুকূলে কৌশলগত পদক্ষেপ । আরো উল্লেখ্য রেব ১০ এর পাশাপাশি রেব ২ এবং ৩ কেও ধানমন্ডি এলাকায় মোতায়েন করা হলেও তাদেরকে দিয়ে বিদ্রোহ দমনে কোনো উদ্যোগই নেয়া হয়নি। তাদের নড়চড় হিন করে রাখা হয়
বিডিআর এর ডিজি নিহত হয় সকাল সাড়ে দশটায় ভারতীয় টিভি চ্যানেল "24 ঘন্টা" বিস্ময়করভাবে অতি অল্প সময়ের মধ্যেই ডিজি ও তার স্ত্রী নিহত হবার সংবাদ প্রচার করে সকাল 11 টায় ।ভারতের আরেকটি চ্যানেল এনডিটিভি সংবাদ শিরোনামে দেখায় বারোটার সময় এবং আরো সংবাদ প্রচার করে 12:15 এর সময় কিন্তু বাংলাদেশের সংবাদমাধ্যম এই বিদ্রোহের সংবাদ চাপা রাখা হয় ২৬ তারিখ দুপুর পর্যন্ত ।