বিএনপি-জামায়াতের চারদলীয় জোট সরকারের প্রথমার্ধে কয়েকটি সংঘর্ষ ও হতাহতের ঘটনার মধ্য দিয়ে গোটা দক্ষিণাঞ্চলে প্রথমবারের মতো আত্মপ্রকাশ করে উগ্রপন্থী মৌলবাদী জঙ্গী সংগঠন হিযবুত তাওহীদ। ওই সময় গৌরনদীসহ পার্শ্ববর্তী এলাকায় বেশ কয়েকটি হতাহতের ঘটনাও ঘটে। সারাদেশেই এ সংগঠনের অনুসারী এবং শক্তিশালী নেটওয়ার্ক রয়েছে। জামায়াতে ইসলামের সঙ্গেও এ জঙ্গী সংগঠনের গভীর সখ্য রয়েছে। বিভিন্ন সময় পুলিশের হাতে গ্রেফতারের পর হিযবুত তাওহীদের একাধিক সদস্য জানায়, বাংলাদেশ হচ্ছে অনৈসলামিক দেশ। এখানে যে ইসলাম প্রচলতি রয়েছে সে ইসলাম ইসলাম নয়। জুমার নামাজ বা জামাতে নামাজ পড়া জায়েজ নেই। দেশের প্রচলিত আইন আদালতের বদলে তারা কাজীর বিচারে ও নিজস্ব ইমামতিতে বিশ্বাসী। তাদের এ উগ্র কথাবার্তায় প্রতিবাদ করায় ২০০৩ সালের মার্চ মাসের শেষের দিকে সাকোকাঠী গ্রামের খলিফা বাড়ি জামে মসজিদে আসা তবলীগ জামাতের ওপর হামলা চালায় হিযবুতের সদস্যরা। সশস্ত্র অবস্থায় হিযবুতের সদস্যরা তাবলীগ জামাতের লোকজনদের ব্যবহারিক জিনিসপত্র লুটপাট করে নিয়ে যায় এবং তাদের মসজিদ থেকে বের করে দেয়। এ ঘটনায় ওই মসজিদের নিয়মিত নামাজ আদায়কারী মুসল্লিরা হিযবুত সদস্যদের প্রতিবাদ করায় তারা (হিযবুত সদস্যরা) ক্ষিপ্ত হয়। এক পর্যায়ে ওই বছরের ৭ মে রাতে হিযবুত তাওহীদের সদস্যরা সাকোকাঠী খলিফাবাড়ির মসজিদে আগুন ধরিয়ে দেয়। সে সময় মসজিদে আগুন দেয়ার ঘটনায় মসজিদের ইমাম মাওলানা হেমায়েত হোসেন হিযবুত তাওহীদের সদস্যদের নামে গৌরনদী থানায় একটি মামলা দায়ের করেছিলেন। থানার তৎকালীন ভারপ্রাপ্ত কর্মকর্তা মামলা দায়েরের পর ঘটনাস্থল পরিদর্শন করলেও রহস্যজনক কারণে মামলার তেমন কোন অগ্রগতি হয়নি।