হেফাজতের বিরুদ্ধে সরকার পতনের অভিযোগ সঠিক নয় দাবি করে আল্লামা শফী বলেন-হেফাজতে ইসলাম কোনো রাজনৈতিক দল বা গোষ্ঠীর এজেন্ডা বাস্তবায়ন বা কাউকে ক্ষমতা থেকে নামানোর জন্য ঢাকা অবরোধ করেনি। কারণ,হেফাজতে ইসলাম ঈমান-আকিদাভিত্তিক সম্পূর্ণ অরাজনৈতিক একটি সংগঠন। শান্তিপূর্ণ উপায়ে ১৩ দফা দাবি আদায়ই আমাদের আন্দোলনের একমাত্র লক্ষ্য ছিল। তিনি হেফাজতের কর্মসূচিতে ১৮ দলীয় জোট বা অন্য কোনো দল থেকে অর্থ জোগানের দাবি নাকচ করে বলেন, “ঈমান-আকিদার তাগিদেই দেশের আলেম সমাজ ও তৌহিদি জনতা নিজ নিজ উদ্যোগে হেফাজতে ইসলামের কর্মসূচিতে শরিক হন।” বিবৃতিতে শাহ আহমদ শফী বলেন-“৫ মে ঢাকা অবরোধ কর্মসূচি বাস্তবায়নের আগে হেফাজতে ইসলামের কেন্দ্রীয় কমিটির চূড়ান্ত বৈঠকে ঢাকা অবরোধ-পরবর্তী মহাসমাবেশ ওই দিনই নির্ধারিত সময়ে শেষ করার বিষয়টা ঠিক করা ছিল। কিন্তু দুপুর দুইটার পর থেকে হেফাজতকর্মীরা রাজধানীতে হতাহতের শিকার হওয়ার পর যে ভীতিকর পরিস্থিতির সৃষ্টি হয়েছিল, তাতে সেদিন আমার পক্ষে মহাসমাবেশে শরিক হওয়ার ক্ষেত্রে চরম নিরাপত্তাহীন পরিস্থিতির সৃষ্টি হয়েছিল।” তিনি বলেন, “এমন ভয়ানক পরিস্থিতিতে আমার পক্ষ থেকে বারবার প্রশাসনকে জানানো হয়েছিল যে, রাতের বেলায় চরম নিরাপত্তাহীন পরিস্থিতিতে এতগুলো মানুষকে ছেড় না। ভোরেই সমাবেশস্থলে গিয়ে মুনাজাতের মাধ্যমে সমাপ্তি ঘোষণা করা হবে সুতরাং পরদিন হেফাজতের অবস্থানকারী নেতা-কর্মীদের বিএনপির নেতা ও ঢাকার সাবেক মেয়র সাদেক হোসেন খোকার খাবার সরবরাহ করার কথা ছিল বলে যা বলা হচ্ছে, তা একেবারেই অমূলক।” আল্লামা শফী বলেন,“হেফাজতে ইসলামের কোনো নেতাকর্মী আমার নিয়ন্ত্রণের বাইরে ছিলেন না। আমাকে জানানো ছাড়া কোনো কর্মসূচিও বাস্তবায়নের ক্ষমতাও কাউকে দেয়া হয়নি।” অন্যদিকে গত ২১ মে ২০১৩ মহানগর হাকিম হারুন অর রশীদের আদালতে স্বীকারোক্তিমূলক জবানবন্দী দেন মাওলানা জুনায়েদ বাবুনগরী। মতিঝিল থানার এসআই মফিজুর রহমান তাকে আদালতে হাজির করে স্বীকারোক্তিমূলক জবানবন্দী রেকর্ড করার আবেদন জানান। এর পরিপ্রেক্ষিতে বিচারকের খাস কামরায় প্রায় আড়াই ঘন্টা ধরে বাবুনগরীর জবানবন্দী রেকর্ড করা হয়। ১৬৪ ধারায় দেয়া জবানবন্দীতে বলা হয়, “১৩ দফা নয়, শাপলা চত্বরে হেফাজতে ইসলামের অবস্থানের উদ্দেশ্য ছিল সরকারের পতন ঘটানো। আর এ পরিকল্পনা ও তা বাস্তবায়নে অর্থ সহায়তা দিয়েছে ১৮ দলীয় জোট। একই সঙ্গে সরকারের পতন না হওয়া পর্যন্ত লাগাতার অবস্থানে খাওয়া-দাওয়াসহ সবকিছুর দায়-দায়িত্বও নিয়েছিলেন ১৮ দলীয় জোটের নেতারা।” এ ঘটনায় বাবুনগরী অনুতপ্ত বলেও জবানবন্দীতে উল্লেখ করা হয়।