১৯৭১ সালে গোলাম আযম বাংলাদেশের মুক্তিযুদ্ধের তীব্র বিরোধিতা করেন। তাঁর দল জামায়াতে ইসলামীও একই মত ও পথ অনুসরণ করে।

২৫ শে মার্চ রাতে সংঘটিত অপারেশন সার্চলাইট এর ছয় দিন পর গোলাম আযম ঢাকা বেতার কেন্দ্র থেকে একটি ভাষণ দেন। এ ভাষণে তিনি ভারতের কড়া সমালোচনা করেন। তিনি বলেন, " ভারত সশস্ত্র অনুপ্রবেশকারী প্রেরণ করে কার্যত পূর্ব পাকিস্তানীদের দেশপ্রেমকে চ্যালেঞ্জ করেছে।...আমি বিশ্বাস করি যে, এই অনুপ্রবেশকারীরা পূর্ব পাকিস্তানী মুসলমানদের নিকট হেত কোন প্রকার সাহায্য পাবে না।" সূত্র: দৈনিক সংগ্রাম, ৭ এপ্রিল ১৯৭১।

গোলাম আযম মুক্তিযুদ্ধের শুধুমাত্র রাজনৈতিক বিরোধিতাই করেননি বরং তিনি এবং তাঁর দল জামায়াতে ইসলামী পাকিস্তান সেনাবাহিনীকে সাহায্য করতে রাজাকার, আলবদর, আলশামস্ প্রভৃতি বাহিনী গড়ে তোলেন। এরা পুরো মুক্তিযুদ্ধের সময় পাকিস্তানী বাহিনীর পক্ষে কাজ করে।

৩০শে জুন লাহোরে সাংবাদিকদের কাছে গোলাম আযম বলেন, "তাঁর দল পূর্ব পাকিস্তানে দুস্কৃতকারীদের(মুক্তিযোদ্ধা) তৎপরতা দমন করার জন্য যথাসাধ্য চেষ্টা করছে এবং এ কারণেই দুস্কৃতকারীদের হাতে বহু জামায়াত কর্মী নিহত হয়েছে।" ১৯৭১ সালের ১০ এপ্রিল পাকিস্তানের অখন্ডতা রক্ষার উদ্দেশ্য ঢাকায় শান্তি কমিটি গঠন করা হয়। এর সদস্য ছিলেন পাকিস্তানপন্থী রাজনৈতিক ব্যাক্তিত্বরা। গোলাম আযম ও এই কমিটির সদস্য ছিলেন।

১৯৭১ সালের ৫ ও ৬ সেপ্টেম্বর দৈনিক সংগ্রাম এ গোলাম আযমের পশ্চিম পাকিস্তান সফরকালের একটি সাক্ষাৎকারের পূর্ণ বিবরণ দুই কিস্তিতে ছাপা হয়। এই সাক্ষাৎকারে তিনি মুক্তিবাহিনীর সাথে তার দলের সদস্যদের সংঘর্ষের বিভিন্ন বিবরণ ও পূর্ব পাকিস্তান পরিস্থতির ওপর মন্তব্য করেন। তিনি বলেন,

বিচ্ছিন্নতাবাদীরা জামায়াতকে মনে করতো পহেলা নম্বরের দুশমন। তারা তালিকা তৈরী করেছে এবং জামায়াতের লোকদের বেছে বেছে হত্যা করছে, তাদের বাড়িঘর লুট করছে জ্বালিয়ে দিয়েছে এবং দিচ্ছে। এতদসত্বেও জামায়াত কর্মীরা রাজাকারে ভর্তি হয়ে দেশের প্রতিরক্ষায় বাধ্য। কেননা তারা জানে 'বাংলা দেশে' ইসলাম ও মুসলমানদের জন্য কোন স্থান হতে পারে না। জামায়াত কর্মীরা শহীদ হতে পারে কিন্তু পরিবর্তিত হতে পারে না। (দৈনিক সংগ্রাম, ৬ সেপ্টেম্বর ১৯৭১)

নাগরিকত্ব বাতিল:
১৯৭৩ সালের ১৮ই এপ্রিল সরকারী এক আদেশে আরো ৩৮ জন রাজনৈতিক ব্যক্তিত্বের সাথে গোলাম আযমকেও বাংলাদেশের নাগরিক হবার অনুপযোগী ঘোষণা করা হয়।
বাংলাদেশে প্রত্যাবর্তন:
জিয়াউর রহমানের আনুকূল্যে গোলাম আযম পাকিস্তানি পাসপোর্ট নিয়ে সাময়িক ভাবে বাংলাদেশে আসেন এবং কোন ভিসা ছাড়াই ১৯৭৮-১৯৯৪ পর্যন্ত বাস করেন। তিনি অলিখিত ভাবে বাংলাদেশের ধর্মীয় রাজনৈতিক দল যাদের অধিকাংশই ১৯৭১ সালে দেশ বিরোধী কাজে লিপ্ত ছিল তাদের আমীর হিসাবে দায়িত্ব পালন করেন। তার দল জামায়াতে ইসলামী বাংলাদেশ এক মাত্র দল যারা ১৯৫২ সালের ভাষা শহীদদের প্রতি এবং ১৯৭১ সালের বাংলাদেশের শহীদদের প্রতি ফুল দিয়ে শ্রদ্ধা জানাতে যান না, যদিও বাংলা ভাষা দিবসকে জাতি সংঘ আন্তর্জাতিক মাতৃভাষা দিবসের স্বীকৃতি দিয়েছে।

এবার ছাগু কবিতা:

ছোট ছাগু বড় ছাগু ,
লম্বা খাটো ছাগু ,
সব ছাগুই পুন্দাইতে মজা।।
ছাগু আছে হালি হালি,
পাইলে দেব গালি,
পাড়ার মহল্লায় রাস্তায়। ।
ছাগু ধরো ছাগু মারো,
ছাগু পুন্দাই কেটে যাবে বেলা।
ছাগু আছে হালি হালি,
পাইলে দেব গালি,
পাড়ার মহল্লায় রাস্তায়। ।