সাবেক পরিকল্পনামন্ত্রী এ কে খন্দকার পাবনা-২ আসনের উপনির্বাচনে আওয়ামী লীগ থেকে এমপি হয়েছিলেন ১৯৯৮ সালে। তখন তাকে মন্ত্রী পদমর্যাদায় উপদেষ্টা করার প্রস্তাব করা হয়। তিনি প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার সঙ্গে দেখা করে বলেন, ‘আমি উপদেষ্টা নই, মন্ত্রী হতে চাই’। জবাবে প্রধানমন্ত্রী বলেন, উপদেষ্টাও তো মন্ত্রী পদমর্যাদায়ই। এতে মনঃক্ষুণœ হন এ কে খন্দকার। পরে ২০০১ সালের জাতীয় নির্বাচনে পরাজিত হন। তার পর থেকে তাকে আর আওয়ামী লীগের কোনো কর্মসূচিতেই দেখা যায়নি। তিনি আবার হঠাৎ করে উড়ে এসে জুড়ে বসেন ২০০৮ সালের নির্বাচনের আগে আগে। কমিউনিস্ট ঘরানার আওয়ামী লীগ নেতাদের সুপারিশে তাকে পরিকল্পনামন্ত্রী করা হয়। মন্ত্রী থাকা অবস্থায় ২০১৩ সালে এ কে খন্দকার মন্ত্রিসভার এক বৈঠকে প্রস্তাব করেন সংবিধান থেকে ‘বিসমিল্লাহির রাহমানির রাহীম’ তুলে দেওয়ার। প্রধানমন্ত্রী তখন তাকে বলেছিলেন, বাংলাদেশের সংখ্যাগরিষ্ঠ মানুষ ধর্মপ্রাণ মুসলমান। এখানে এ ধরনের বিতর্ক তৈরির কোনো সুযোগ নেই। তখন এ কে খন্দকার মন্ত্রিসভা থেকে পদত্যাগেরও হুমকি দিয়েছিলেন। প্রধানমন্ত্রী বলেছিলেন, আপনি মন্ত্রিসভায় না থাকলেও আমার করার কিছু নেই। এ কে খন্দকার তখন কমিউনিস্ট চিন্তার মন্ত্রীদের সঙ্গে এ নিয়ে শলাপরামর্শও করেছিলেন। জানা গেছে, এর পর থেকেই এ কে খন্দকার প্রধানমন্ত্রীর ওপর ক্ষুব্ধ হতে থাকেন। পরবর্তীতে মন্ত্রিসভা থেকে বাদ পড়ে এই বয়োবৃদ্ধ স্বাধীনতার ইতিহাস বিকৃতকরণে লেখেন ‘১৯৭১ : ভেতরে বাইরে’। তার এ তথ্য বিকৃতির জন্য ধিক্কার আসছে সমাজের নানা প্রান্ত থেকে। অবশ্য পরিকল্পনামন্ত্রী থাকা অবস্থায় ২০০৯ সালের ডিসেম্বরে প্রকাশিত এ কে খন্দকার, মঈদুল হাসান ও এস আর মীর্জার আলাপচারিতার ভিত্তিতে লেখা ‘মুক্তিযুদ্ধের পূর্বাপর কথোপকথন’ শীর্ষক বইয়েও এ কে খন্দকার বলেছিলেন, ‘আওয়ামী লীগের যুদ্ধপ্রস্তুতি ছিল না। শেখ মুজিবুর রহমান স্বাধীনতার ঘোষণা দেননি।’ মন্ত্রী থাকা অবস্থায় এ ধরনের কথা বললেও তখন এ নিয়ে বড় কোনো বিতর্ক হয়নি। তবে মন্ত্রিসভায় একবার এটি নিয়ে আলোচনা হয়েছিল। তখন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা এ বিষয়ে তেমন কোনো কথা বলেননি। তবে প্রায় দুই বছর পর ‘বিসমিল্লাহ’ তুলে দেওয়ার কথা বললে প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার কড়া কথা শুনতে হয়েছিল সাবেক এই মন্ত্রীকে।এরপর রাষ্ট্রপতি জিল্লুর রহমানের মৃত্যুর পর রাষ্ট্রপতিও হতে চেয়েছিলেন এ কে খন্দকার। বামপন্থি আওয়ামী লীগ নেতারা তার কথা বিভিন্ন পর্যায়ে প্রস্তাবও করেছিলেন। কিন্তু জাতীয় সংসদের স্পিকার আবদুল হামিদকে রাষ্ট্রপতি করা হলে আরেক দফা ক্ষোভ দানা বাঁধে এ কে খন্দকারের মনে।