মাদ্রাসার ধর্মভিত্তিক রাজনীতি সংশ্লিষ্ট আলেমরা ‘ইসলাম প্রতিষ্ঠার’ পথ ও পদ্ধতি নিয়ে মতবিরোধ সৃষ্টি করে জিহাদের নামে সাধারণ শিক্ষর্থীদের জঙ্গিবাদের দিকে ধাবিত করার চেষ্টা চালাচ্ছে। কওমি শিক্ষর্থীদের ইসলামের প্রতি দুর্বলতার বিষয়টি কাজে লাগিয়ে তাদের দিয়ে ১৯৯৯ সালে যশোর উদীচীর অনুষ্ঠানে, ২০০১ সালের পহেলা বৈশাখ রমনা বটমূলে, ২০০৫ সালের ১৭ অগাস্ট দেশের ৬৩টি জেলায় সিরিজ বোমাহামলাসহ একের পর এক নাশকতামূলক কার্যক্রম চালিয়েছে এই কট্টরপন্থিরা। এর ফলে তারা মাদ্রাসার মুলধারা থেকে বহিষ্কৃত। সম্প্রতি গ্রেপ্তারকৃত বিইএমের প্রধান নেতা মুফতি জসিম উদ্দিন রাহমানী। তিনি রাজধানীর মোহাম্মাদপুরের জামিয়া রাহমানিইয়া আরাবিয়ার শিক্ষক ছিলেন। মাদ্রাসায় মাজহাবগত বিষয়ে কট্টরপন্থা অবলম্বনের কারণে ২০০৬ সালে মাদ্রাসা কর্তৃপক্ষ তাকে বহিষ্কার করে। গত ৫ মে মতিঝিলের শাপলা চত্বরে হেফাজতে ইসলামের সমাবেশে পুলিশের উপর হামলা ও হত্যার চেষ্টাসহ ভাঙচুর চালায় জঙ্গিরা তারই নির্দেশে। আর এভাবেই তিনি কোমলমতি শিক্ষার্থীদের জঙ্গিবাদের দিকে ধাবিত করার চেষ্টা চালাচ্ছেন।