ঈশ্বরচন্দ্র বিদ্যাসাগর ঈশ্বর ও আত্মায় বিশ্বাস করতেন না, পরলোকে বিশ্বাস করতেন না; পূজা-আহ্নিকে বিশ্বাস করতেন না । প্রশ্ন উঠলে তিনি পাল্টা নানা উত্তর দিতেন । তিনি বলেছেন, “ঈশ্বরকে ডাকবার আর কী দরকার! চেঙ্গিস খাঁ যখন লুটপাট আরম্ভ করলে, তখন অনেক লোককে বন্দি করলে; ক্রমে প্রায় এক লক্ষ বন্দি জমে গেল ।... তখন চেঙ্গিস খাঁ বললেন... ওদের বধ কর ।...এই হত্যাকাণ্ড তো ঈশ্বর দেখলেন? কই একটু নিবারণ তো করলেন না । তা তিনি থাকেন থাকুন, আমার দরকার বোধ হচ্ছে না ।” তিনি আরও বলেছেন, “স্যর জন লরেন্স’ বলে একটা জাহাজ ডুবে ৮০০ লোক মারা গেল, দুনিয়ার মালিক কি আমাদের চেয়েও নিষ্ঠুর? আমি যা পারি না, কেমন করে পরম করুণাময় হয়ে তিনি তা পারলেন, কেমন করে তিনি একসঙ্গে ডুবিয়ে মারতে পারলেন সাতশ-আটশ মানুষ? এই কি দুনিয়ার মালিকের কাজ?”
বিদ্যাসাগর কাশী গেছেন বাবা-মার সাথে দেখা করতে । কাশীর পাণ্ডার দল মন্দিরে নিয়ে যাওয়ার জন্য টানাটানি করেছে । তিনি বলেছেন, "আমি ওসব মানি না । আমার বাবা বিশ্বেশ্বর, মা অন্নপূর্ণা, আর কাউকে আমি মানি না ।" তিনি জীবনে কোনও দিন কোনও মন্দিরে যান নি ।