ভাইরাসের আক্রমণ থেকে পেনড্রাইভের সুরক্ষার জন্য পেনড্রাইভ কখনো সরাসরি Open অথবা Explore করে না খুলে My computer-এ গিয়ে Address Bar থেকে Drive Letter লিখে ( যেমন L হলে L ) পেনড্রাইভ খুলুন। এ ছাড়া Tools/Folder Options-এ গিয়ে View অপশন থেকে Show Hidden Files and Folders, Hide Extensions for known File Types, Hide Protected Operating System Files চেকবক্সে টিক চিহ্ন দিয়ে হিডেন সিস্টেম ফাইল শো করুন এবং কোনো সন্দেহজনক হিডেন (*.exe) ফাইল পেলে মুছে ফেলুন। পেনড্রাইভে autorun.inf নামে একটা ফোল্ডার (ফাইল নয়) তৈরি করে রাখুন। ফলে এর জায়গায় autorun.inf ভাইরাস নিজস্ব ফাইল তৈরি করতে পারবে না।