নির্বাচন কমিশনের বিভিন্ন কর্মকাণ্ডই কমিশনকে বিতর্কিত করে তুলেছে। এই কমিশনের প্রতি জনগণের আস্থা ও বিশ্বাস নেই। বর্তমান কমিশনের অধীনে সুষ্ঠু, অবাধ ও নিরপেক্ষ নির্বাচন সম্ভব নয়। তাই গ্রহণযোগ্য নির্বাচনের স্বার্থে ইসির আমূল সংস্কার অপরিহায। সাংবাদিকদের সঙ্গে খোলামেলা আলাপকালে নির্বাচন কমিশনার এম এম মুনসেফ আলী ও এ কে মোহাম্মদ আলী এ অভিমত ব্যক্ত করেন। 2001 সালে অনুষ্ঠিত বহুল সমালোচিত অষ্টম জাতীয় সংসদ নির্বাচনের আগে তৎকালীন তত্ত্বাবধায়ক সরকারের প্রধান উপদেষ্টা বিচারপতি লতিফুর রহমানেরও সমালোচনা করেন তারা। নিজ দপ্তরে বসে সাংবাদিকদের সঙ্গে আলাপকালে মুনসেফ আলী বলেন, ইসি সচিবালয়কে রাষ্ট্রের নির্বাহী বিভাগ থেকে সম্পূর্ণ পৃথক করা প্রয়োজন। সুষ্ঠু নির্বাচনের স্বার্থে নির্বাচনী আইন সংশোধনেরও প্রয়োজনীয়তা রয়েছে। সিইসি ও অপর 2 কমিশনারকে পরোক্ষভাবে তাদের দায়ী করে মুনসেফ আলী বলেন, শুধু আইন দিয়ে সবকিছু হয় না। আইনের প্রতি শ্রদ্ধাশীল থাকা এবং নিরপেক্ষভাবে দায়িত্ব পালন করাটাই মুখ্য বলে তিনি মনত্দব্য করেন। ইসি সম্পর্কে দেশবাসীর মনে নানা সন্দেহের সৃষ্টি হয়েছে। বর্তমান কমিশনের অধীনে আদৌ সুষ্ঠু, অবাধ ও নিরপেক্ষ নির্বাচন সম্ভব নয়। সর্বজন গ্রহণযোগ্য নির্বাচনের স্বার্থে ইসির আমূল সংস্কার অপরিহার্য বলে তিনি মনত্দব্য করেন। জবাবদিহিতা ও স্বচ্ছতা নিশ্চিত করতে হলে ইসি সচিবালয়কে নির্বাহী বিভাগ থেকে পৃথক করে পুরোপুরি ইসির নিয়ন্ত্রণে আনতে হবে এবং ইসি সচিবালয়ের কর্মকর্তা-কর্মচারীদের নিয়োগ, বদলি, পদোন্নতি ও শাসত্দি প্রদানের ক্ষমতাসহ ইসিকে আর্থিক স্বাধীনতাও দিতে হবে। প্রসঙ্গক্রমে তিনি বলেন, প্রখ্যাত আইনজ্ঞ ড. কামাল হোসেন ও বিশিষ্ট রাজনীতিক অধ্যাপক বদর"দ্দোজা চৌধুরী বাসত্দবতা উপলব্ধি করেই নির্বাচন কমিশন সংস্কারের দাবি জানিয়েছেন। এ ছাড়া তিনি (লতিফ) 'তত্ত্বাবধায়ক সরকারের দিনগুলি' নামক একটি গ্রন্থ লিখে তাতে অনেক মিথ্যার আশ্রয় নিয়েছেন এবং আমার (মোহাম্মদ আলী) সম্পর্কে বিষোদগার করেছেন বলে কমিশনার অভিযোগ করেন। সিইসি এম এ আজিজ ও নির্বাচন কমিশনার (সাবেক ইসি সচিব) স ম জাকারিয়ার কঠোর সমালোচনা করে মোহাম্মদ আলী বলেন, নির্বাচন কমিশনের অনেক সিদ্ধানত্দ গ্রহণের ক্ষেত্রেই তার ও মুনসেফ আলীর মতামত নেওয়া হয়নি। তাদের কাছে অনেক ফাইল পাঠানো হতো না বলে তিনি অভিযোগ করেন। 3 সদস্য বিশিষ্ট কমিশনের 2 জনের আপত্তি উপেক্ষা করে গত আগস্ট মাসে সিইসির একক সিদ্ধানত্দে নতুন ভোটার তালিকা প্রণয়নের উদ্যোগ এবং এ সংক্রানত্দ রিট মামলায় হাইকোর্টের রায় উপেক্ষা করে চলমান নতুন ভোটার তালিকা প্রণয়নের কাজ অব্যাহত রাখায় নির্বাচন কমিশন দেশবাসীর কাছে আস্থা ও বিশ্বাস হারিয়েছে